Es importante resaltar que el Informe Final de la Comisión de la Verdad se ha centrado en las violaciones a los derechos humanos e infracciones al Derecho Internacional Humanitario cometidas hasta la firma del Acuerdo de Paz con las FARC, pero la Comisión, y teniendo en cuenta factores de persistencia, ha analizado las violencias que se mantienen en los territorios. En ese sentido la poca capacidad del Estado para ocupar los territorios dejados por la guerrilla, la falta de compromiso de algunos firmantes y del mismo gobierno, generó que en muchos territorios la guerra no llegara a su fin.
Las disputas por el territorio para hacer con el control de los mismos para los negocios ilícitos, marcaron el derrotero de la perpetuidad del conflicto a pesar de la firma de los acuerdos. Algunos territorios han sido más afectados que otros por la persistencia de las violencias, como el Caquetá y el Meta con las disidencias de Gentil Duarte que tomaron el control del territorio en el año 2019 y que a la fecha libran un duro enfrentamiento con el Estado, en el que, y como siempre a lo largo de la guerra, la población civil ha sido la más afectada.
En cambio, en Arauca, los reductos de los frentes 10 y 28 de las FARC mantienen un control menos fuerte, pero con el que controlan buena parte del comercio y los negocios ilícitos, aunque sin generar muchas presiones con la población civil. Esta presencia ha generado confrontaciones con el Frente de Guerra Oriental del ELN y otras disidencias. Así mismo, la cercanía con la frontera agudiza las violencias, ya que muchos actos que son cometidos en Colombia no pueden ser investigados o castigados pues el paso al vecino país dificulta esas acciones.
Por su parte, en el pacífico, los frentes Oliver Sinisterra y las Guerrillas Unidas del Pacífico se han concentrado al control de territorio y de la economía supeditada al máximo en torno al negocio de la coca. Allí convergen otro grupos armados, disidencias, paramilitares y grupos de narcotráfico, quienes han luchado por los espacios, las rutas, los cultivos y el poder sobre el territorio, generando enormes problemas en la población. A esto se le suma que es uno de los territorios más violentos y abandonados por el Estado colombiano, lo que profundiza la impunidad.
En cuanto a la zona del Catatumbo no se percibe el cambio tras la firma del Acuerdo. El ELN, las disidencias y otros grupos armados siguen controlando el territorio y las operaciones militares se mantienen con igual, o incluso, con mayor intensidad. En esa zona el control de la población llega a rozar los límites de la esfera privada, ya que se controlan hasta los horarios de los establecimientos o de circulación de los habitantes dentro de los municipios de la zona.
Otra zona del pacífico, pero que, y gracias a sus características geográficas posee unas dinámicas muy diferentes, es el departamento del Cauca. Esta zona tiene frentes muy amplios de disputa, en primer lugar, están las zonas montañosas y por otro lado están las extensas zonas selváticas cercanas al mar. Allí las luchas por el control de las redes logísticas y económicas para el negocio del narcotráfico marcan el derrotero de las acciones de las disidencias y de otros grupos armados.
Todos estos órdenes violentos en los diferentes territorios ponen de manifiesto que la guerra tiene mucho combustible para seguir adelante por muchos años más. Las causas asociadas a la pobreza y el abandono estatal son generadoras de la perpetuidad del conflicto y al mismo tiempo son las claves para la solución definitiva. Así mismo, mientras para la población civil estas estructuras armadas representen la única ley y autoridad en los territorios, las disidencias tendrán la legitimidad requerida para seguir haciéndose con el control de las zonas más apartadas del país.
La Comisión de la Verdad teme que el país esté expuesto en un futuro inmediato a nuevos episodios de violencia que regresen a los colombianos y colombianas a los años más duros del conflicto armado. En el Informe Final se plantea si sigue existiendo el conflicto armado como se conocía antes del Acuerdo de Paz o si lo que existe son estructuras criminales a gran escala. En cualquier caso, el reto del Estado es resolver cuanto antes las conflictividades, hacer presencia efectiva en los territorios, no criminalizar al campesinado, generar oportunidad de empleo y tomar posturas más decididas para la construcción de paz en Colombia.
