La subversión en el marco del conflicto armado fue también responsable por acciones que atentaron contra la población civil mientras las guerrillas se disputaban territorios y el poder entre ellos mismos. Esas luchas internas y con otras organizaciones insurgentes, generaron que la población civil también enfrentara enormes consecuencias humanitarias, como desplazamientos, muerte y heridas por explosivos, minas antipersonales y en combates. En otras ocasiones integrantes de las guerrillas se alejaron de la estructura militar y de sus mandos apelando al desencantamiento de la lucha armada y fueron considerados traidores.
Cuando este último escenario se configuraba, estallaban las purgas internas por riesgo de infiltración, ocasionando que muchos civiles que hacían parte de los procesos logísticos de los grupos armados fueran los primeros en ser señalados. Familias y municipios enteros se vieron afectados por estas purgas y muchos civiles terminaron asesinados o desaparecidos en selvas, sabanas y montañas. Uno de los grupos armados que más recurrió a la purga interna fue el ELN en sus primeros años de lucha, la extensión de las controversias internas y sus consecuencias violentas fueron tan fuertes, que casi se da la extinción de esta guerrilla.
Adicionalmente, la Comisión de la Verdad logró recopilar información de las FARC, que entre los años 1985 y 1986, un solo frente de este grupo armado, el Ricardo Franco, asesinó a 164 combatientes que eran miembros activos de la organización, ya que sospechaban que las fuerzas militares los tenían altamente infiltrados. Los testimonios dan cuenta de torturas, asesinatos con armas cortopunzantes y hasta enterramiento de personas vivas.
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Como ese hubo otros procesos internos de purga, como el registrado en 1988 en el Magdalena medio en los frentes 4, 11, 12, 20, 23, 24 y 33, ya que el Secretariado de las FARC, al dar la orden de conformar el Bloque Magdalena Medio, los comandantes de los mencionados frentes ajusticiaron a cientos de combatientes ante información que les indicaba que habían infiltrados del Ejército entre sus filas.
Otro proceso que dejó sendas heridas fue el de enfrentamientos entre grupos armados, como las FARC contra el ELN que tuvo varios episodios a lo largo de la historia. En la zona de Arauca y el Catatumbo cada grupo armado señaló por su parte a la población civil de ser colaboradora del grupo contrario o enemigo. En medio de un contexto de abandono estatal, las guerrillas practicaron ajusticiamientos de civiles acusados de ser militares o de apoyar al enemigo y a la fecha, la mayoría de las víctimas están sumergidas en el anonimato.
Los enfrentamientos al interior de las filas de la guerrilla han logrado sobrevivir el Acuerdo de Paz, es así como los guerrilleros agrupados en frentes que no se sometieron al proceso, como los liderados por Gentil Duarte, están enfrentados con otros grupos armados de diversos sectores, incluso con la Nueva Marquetalia. La mayor parte de esa lucha se vive en territorios de frontera, como Norte de Santander y Arauca, incluso en el vecino país.
También hubo graves violaciones del Derecho Internacional Humanitario a combatientes, sus familias y sus entornos. El Informe Final ha logrado identificar tres escenarios en los que se desarrollaron estos hechos. En primer lugar, están las torturas ejecutadas por actores no estatales, pero que actuaron en conveniencia con el Estado. En segundo lugar, las realizadas por agentes estatales en el marco de captura y retención en los establecimientos carcelarios y, por último, figuran los tratos crueles, inhumanos o degradantes durante el proceso de captura perpetrados por agentes estatales contra miembros de las diferentes guerrillas. En este punto hay que hacer una pausa para mencionar que muchos civiles fueron capturados por estar señalados de pertenecer a la insurgencia, fueron torturados, algunos asesinados y tiempo después se corroboraría su inocencia.
Un guerrillero capturado por agentes del Estado narró a la Comisión la tortura a la que fue sometido: “Me desnudaron de pies a manos y me colgaron como cuando cuelgan un marrano, con la cabeza hacia abajo totalmente desnudo me amarraron de los pies; ahí llegó un policía bajito y me dijo: «Bueno, hermano, comenzó la terapia. Habla o habla». Me dijo: «Aquí los más hombres han hablado»; me pone una toalla en la cabeza y comienza a ensayar boxeo conmigo ahí amarrado. Calculo que la toalla la colocaban para que no quedara marcado, después de eso el hijueputa trae unas agujas y comienza a metérmelas por la cabeza”
Finalmente, familiares de altos mandos, comandantes y miembros del Secretariado de las FARC fueron víctimas de señalamientos, amenazas, torturas y desapariciones forzadas, así lo registra la Comisión en testimonios como este: “Pero con nosotros sí se utilizaron estrategias, secuestraron nuestros familiares, asesinaron los familiares utilizando paramilitares, y varios de los que estamos aquí sentados tenemos historias que contar de que, bueno, que por el simple hecho de ser familiares nuestros los mataron, a Timo (alias Timochenko) le mataron un hermano, varios familiares, a mí me asesinaron y descuartizaron mi hermana, que no tenía nada que ver con esto”.
